Zbiory etnograficzne stanowiły jeden z podstawowych działów powstałego w 1909 roku Muzeum Ziemi Kujawskiej. Zniszczone niemal całkowicie podczas ostatniej wojny gromadzone były od nowa po 1945 r.
W okresie powojennym do działu trafiły najcenniejsze zabytki sztuki ludowej, które dały początek kolekcjom – zabytkowej rzeźby ludowej i dawnego malarstwa ludowego. Intensywnie gromadzono w tym czasie elementy stroju kujawskiego, które z czasem utworzyły kolekcje – zabytkowych czepców kujawskich i kobiecych chust noszonych do stroju. Z zakresu meblarstwa dawnego najcenniejsza jest kolekcja kujawskich skrzyń wiannych (43) i gromadzona od poł. lat 70. XX w. mniej liczna kolekcja ludowych skrzyń dobrzyńskich. Od początku l. 80. XX w., z uwagi na przygotowywane ekspozycje stałe w Muzeum Etnograficznym oraz tworzony skansen w Kłóbce, dział intensywnie gromadzi obiekty z zakresu kultury materialnej i duchowej. Zabytki kultury materialnej utworzyły następujące zespoły muzealiów: przygotowanie pożywienia, utrzymanie czystości, wyposażenie wnętrz mieszkalnych, rolnictwo, hodowlę, rybołówstwo, łowiectwo, torfiarstwo, transport, a także elementy wyposażenia i wyroby dawnych pracowni rzemieślniczych oraz warsztatów drobnej wytwórczości domowej (kowalstwo, garncarstwo, plecionkarstwo, bednarstwo, rymarstwo, stolarstwo, kołodziejstwo, trepiarstwo, szewstwo). Z innych znaczących dla wsi rzemiosł i przemysłu wiejskiego oraz przetwórstwa zgromadzono zabytki z zakresu ciesielstwa i dekarstwa, tkactwa i rzeźnictwa. Wraz z powstającymi w skansenie obiektami przemysłu wiejskiego i użyteczności publicznej dział wzbogacił się o zabytki z zakresu młynarstwa i wyposażenia wiejskiej olejarni, a także pożarnictwa (remiza strażacka) i wyposażenia szkoły.
Znaczące są w dziale zbiory tkanin, haftów i koronek, z których zdecydowana większość gromadzona jest pod kątem wyposażenia wnętrz skansenowskich. Odrębną grupę stanowią współczesne hafty, będące plonem powojennych konkursów sztuki ludowej oraz licząca 311 pozycji kolekcja współczesnego stroju regionalnego utworzona po ogólnopolskim konkursie w 1988 r.
Kulturę duchową, zwyczaje, obrzędy i religijność reprezentują w zbiorze obiekty z zakresu plastyki obrzędowej i duży zbiór oleodruków i różnych dewocjonaliów. W dziale znajdują się również instrumenty muzyczne i różne dokumenty.
Dość licznie prezentowana jest współczesna sztuka i rękodzieło ludowe, będące plonem tematycznych lub interdyscyplinarnych konkursów sztuki ludowej organizowanych przez muzeum do l. 80. XX w. Pośród tych zabytków najliczniejsza jest kolekcja współczesnej rzeźby ludowej i malowanek na papierze, a z zakresu rękodzieła wyroby kowalskie, garncarskie i plecionkarskie.
W Dziale Etnograficznym na koniec 2003 r. było zinwentaryzowanych 8138 muzealiów wpisanych do księgi inwentarza trwałego. W księdze inwentarza nietrwałego było na koniec tegoż roku 376 wpisów, a w księdze Varia założonej dla przedmiotów pomocnych w aranżacjach wnętrz skansenowskich figurowało 1089 pozycji.
Przy Dziale Etnograficznym znajduje się archiwum etnograficzne gromadzące zbiory fotograficzne, materiały terenowe, dokumentację twórców ludowych, wystaw i imprez etnograficznych. Zawiera ono także pełną naukową dokumentację działu.
